Manifestement votre client vous mène en bateau, il ne sait pas ce qu'il veut, peut-être qu'il a complètement changé d'avis, mais ce n'est pas votre problème.
La principale preuve que vous avez à fournir, c'est le bon de commande. Il me semble que vous avez les éléments : devis accepté - par quel moyen ? Les demandes de modifications ne sont que des compléments.
A votre place j'éditerai la facture complète en faisant figurer l'acompte déjà versé (je suppose que vous avez établi un reçu à la remise de cet acompte) et je l'enverrai immédiatement par courrier en rappelant le délai de payement.
Et ne touchez plus à rien du moment que le site fonctionne normalement.
Je doute qu'il porte plainte au commissariat ! C'est un litige à caractère commercail donc relève du tribunal de commerce.
Au bout du délai (30 jours ) vous faites une mise en demeure de payer sous X jours en LRAR. Sans réponse de sa part vous pourrez lancer une procédure d'injonction de payer au tribunal de commerce, c'est gratuit et sans avocat. Renseignez-vous au greffe
exemple à Paris
Pour la suite de votre activité je vous invite à insister sur un bon de commande signé (ce peut être le devis détaillé retourné bon pour accord) et des conditions générales de vente. Je sais que ce site (net-iris) en propose spécialement adaptées aux prestations informatiques (non, je n'ai pas un pourcentage

).