A mon sens, la réponse est dans votre question.
Quel est le fond du problème ? Savoir si une espèce protégée peut être supprimée ? La réponse est non, puisqu'elle est protégée

On est en effet pas dans le schéma plus classique de questions d'empiètement ou de violation de domicile... Le droit de la propriété a une valeur très forte, mais il ne peut aller à l'encontre d'interdictions qui protègent l'intérêt général. La protection des espèces en voie de disparition me semble effectivement reposer sur la fameuse notion d'intérêt général.
Enfin ce n'est que l'humble avis d'un administrateur de forums juridiques dont les études de droit sont un peu loin mais qui pense avoir conservé un certain 'esprit juridique' de par son activité quotidienne 