En cas de licenciement pour faute grave - les indemnités de congés payés non pris sont dues par l'employeur.
Par contre il n'y a pas de préavis et pas d'indemnités de licenciement.
Le départ de la société est immédiat suite au licenciement.
La faute lourde - qui prive des indemnités de CP - est réservée aux cas très sérieux de fraude ou d'actes volontairement nuisibles à la société, ce qui n'est certainement pas le cas d'un refus de mission !
Et il n'y a jamais de pénalités à payer par l'employé.
Le préavis (par ex. 3 mois) doit se comprendre comme un temps de travail - donc soit des congés étaient prévus, ils sont pris normalement et la date de préavis est repoussée d'autant, soit vous négociez avec l'employeur pour faire seulement une partie du préavis, mais il ne sera pas tenu de vous payer la partie non effectuée.
D'après mon expérience personnelle (en SSII jusqu'en 2006) : envoyez votre LRAR de démission et laissez venir sans faire de commentaires. On est en période creuse et peu de nouvelles missions démarrent en juillet août !
Si malgré tout on vous propose une mission lointaine, ne refusez pas d'emblée... accepter de rencontrer le client sans enthousiasme ... soulevez des objections (technologie inconnue de vous, manque d'expérience) en entretien ... gagnez du temps.
Il est même possible qu'on vous propose une pseudo "mission" pour vous faire peur, alors qu'elle n'existe pas ! Je parle d'expérience vécue.

A la fin vous pouvez toujours tenter de négocier un départ plus tôt que prévu.
Une procédure de licenciement suit des règles, pas sûr que votre employeur se lance la-dedans en pleins congés ! Et pendant tout ce temps votre préavis se déroule ...